2月2日，印度研究人員于1月31日發(fā)表在bioRxiv上的有關(guān)新型冠狀病毒來源于實驗室的論文撤稿。

相關(guān)：印度研究人員新冠病毒論文被質(zhì)疑“扭曲事實” 已撤稿

此前，網(wǎng)上不斷有各種版本的流言，或多或少都把此次疫情的發(fā)生與國內(nèi)科研機構(gòu)的實驗室病毒標本泄露關(guān)聯(lián)在一起。

對此，2月2日下午，中國科學院武漢病毒所研究員石正麗在朋友圈說：“2019新型冠狀病毒是大自然給人類不文明生活習慣的懲罰，我石正麗用我的生命擔保，和實驗室沒有關(guān)系。”

《中國科學報》記者向她本人求證此條朋友圈消息屬實，并獲準通過本報發(fā)布。

石正麗朋友圈截圖（經(jīng)本人授權(quán)發(fā)布）

同時，1月31日，《科學》也發(fā)布最新調(diào)查報道稱，生物信息學家正努力用科學擊敗“陰謀論”。

作為石正麗的長期合作伙伴，美國非盈利組織環(huán)保生態(tài)健康聯(lián)盟疾病生態(tài)學家Peter Daszak在接受《科學》采訪時表示，每當新疾病、新病毒出現(xiàn)時，都會產(chǎn)生諸如實驗室泄漏或者生物工程制造一類的“陰謀論”。“這令人羞恥！”

中山大學醫(yī)學院院長郭德銀也對《中國科學報》表示：“陰謀論從來不需要提供證據(jù)，但科學需要。”目前，基于基因組序列對病毒在進化上的分析結(jié)果，為證明病毒來源于自然界提供了強有力的證據(jù)，足以擊破人工合成的流言。

有同一個“祖先”

1月11日，由復旦大學上海公共衛(wèi)生臨床中心暨公共衛(wèi)生學院張永振教授領(lǐng)導的團隊在virologic.org網(wǎng)站發(fā)布了第一個新型冠狀病毒基因序列。第二天，另外5個來自不同患者的病毒基因組序列由國家衛(wèi)健委領(lǐng)導的小組在全球共享流感病毒數(shù)據(jù)庫GISAID發(fā)布[1]。

隨后，全球科研人員陸續(xù)公開分享更多患者的病毒基因組全序列，目前已有53例患者的病毒基因組全序列被共享在GISAID。

國內(nèi)一位病毒學專家告訴《中國科學報》：“這些病毒序列應用現(xiàn)代測序技術(shù)，從患者血清中就可以提取。”

研究人員正在對這些病毒基因序列進行深入研究，試圖了解新型冠狀病毒的起源，以及它與在蝙蝠等其他動物中發(fā)現(xiàn)的病毒的進化關(guān)系。

華盛頓大學生物信息學專家Trevor Bedford告訴《科學》：“從病毒序列中得到的最重要的信息之一，是病毒一次性進入人體，然后進行人際傳播。”

對此，前述國內(nèi)病毒學家解釋：“這意味著，目前正在傳播中的病毒來源于同一個‘祖先’，傳播路徑可能是病毒從動物偶然傳染給某一個特定的人，發(fā)生了變異，然后開始人際傳播。所以，如果能找到最早發(fā)生感染的‘零號病人’，病毒源頭就找到了。”

據(jù)《科學》報道，一個可能的解釋是，近期有一批動物被感染，通過感染某一個商販把病毒帶到人類。

1100個核酸的差距

基因組序列顯示，此次流行的新型冠狀病毒nCoV-2019共有29000多個核苷酸堿基。研究人員將它與已知冠狀病毒家族其他成員進行了比較，發(fā)現(xiàn)其與蝙蝠來源的冠狀病毒關(guān)系最密切。

1月23日，中國科學院武漢病毒所研究員石正麗帶領(lǐng)的團隊在bioRxiv發(fā)表文章指出，與此前在云南中菊頭蝠上檢測到的蝙蝠冠狀病毒RaTG13相比較，nCoV-2019在整個基因組中與其有96.2%的一致性，與SARS冠狀病毒有79.5%的一致性。

不過，Bedford分析，石正麗團隊提出的RaTG13序列與nCoV-2019有近1100個核苷酸的差異。他結(jié)合其他冠狀病毒的假定突變率估計，這兩種病毒在25到65年前有一個共同的祖先，RaTG13病毒突變?yōu)閚CoV-2019可能需要幾十年的時間。

在“進化樹”上擁有合理的位置，代表了這一病毒由自然進化而來。“對病毒這種僅由RNA構(gòu)成的生物而言，基因組序列的差異就能展現(xiàn)其進化關(guān)系，為其來源于自然界提供了強有力的證據(jù)。”郭德銀解釋。

要認定病毒來源，通常采用“進化樹”的方法，畫出家族系譜圖，還需要定量比較相似核苷酸的數(shù)量。專家們的共識是，1100個核苷酸的差異意味著，nCoV-2019從蝙蝠到人之間還存在1個或多個中間宿主。

Bedford創(chuàng)建的冠狀病毒家族系譜圖，其中包括蝙蝠、果子貍、SARS和nCoV-2019序列（來源：Science官方網(wǎng)站）

例如，SARS病毒起源雖然起源于蝙蝠，但果子貍冠狀病毒與人類SARS病毒之間的差異只有10個核苷酸左右。所以，這就可以推斷，果子貍是SARS病毒的中間宿主。

又如，2018年4月，石正麗聯(lián)合軍事科學院軍事醫(yī)學研究院微生物流行病研究所童貽剛團隊、華南農(nóng)業(yè)大學動物科學學院馬靜云團隊等發(fā)現(xiàn)，導致2016年廣州仔豬致死性疾病的SADS冠狀病毒，與發(fā)生疫情豬場附近的蝙蝠洞穴中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒全基因組序列一致性高達98.48%，從而認定這次疫情源于冠狀病毒的跨種傳播。

“進化樹”分析帶來另一個好消息是，目前為止分析的不同nCoV-2019序列之間最多只有7個核苷酸的差異。這不僅表明它是最近才一次性進入人類體內(nèi)的，更表明它尚未發(fā)生明顯的變異。

不過，在其傳播過程中，科研人員仍然沒有掌握武漢華南海鮮市場發(fā)揮的作用，只能確定其在早期疫情中“推波助瀾”。

“對于nCoV-2019從自然界中的某種宿主到中間宿主再到人，科學雖然難以以一種重現(xiàn)的方式去證明，卻可以用確鑿的證據(jù)，以完備的邏輯形成證據(jù)鏈，去確證結(jié)果。”郭德銀最后強調(diào)。

參考資料：

[1]https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins

[2] http://www.infzm.com/contents/174679

[3] http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2018/4/408359.shtm