近日，中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心合作開發(fā)的空間轉(zhuǎn)錄組綜合資源存儲(chǔ)庫(kù)（CROST）正式上線，該研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”為題在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acid Research在線發(fā)表。
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展徹底改變了我們對(duì)復(fù)雜組織的理解，推動(dòng)生命和健康科學(xué)進(jìn)入空間組學(xué)時(shí)代�？臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的激增急需一個(gè)用戶友好的數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，以便于輕松訪問數(shù)據(jù)，并進(jìn)行可視化和個(gè)性化分析。為此，鮑一明研究團(tuán)隊(duì)和方向東研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了CROST資源庫(kù)，為研究人員提供了一個(gè)較為完善的空間轉(zhuǎn)錄組資源系統(tǒng)。
CROST應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)化處理流程整合了182個(gè)高質(zhì)量的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涵蓋8個(gè)不同物種、35種組織類型和56種疾病的1033個(gè)子數(shù)據(jù)集。針對(duì)單個(gè)樣本提供了全面的生物信息分析，包括空間變異基因（SVG）分析、細(xì)胞類型注釋、空間相關(guān)性、空間共定位、通訊分析和功能注釋等。CROST通過集成空間轉(zhuǎn)錄組、經(jīng)典轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組和基因組的數(shù)據(jù)全面闡明了腫瘤相關(guān)SVG，是用戶（尤其是臨床醫(yī)生）快速評(píng)估特定癌癥類型中基因表達(dá)水平、甲基化水平、拷貝數(shù)變異以及預(yù)后的寶貴工具。此外，數(shù)據(jù)庫(kù)提供了一個(gè)用于可視化、空間通訊、空間共定位和細(xì)胞類型相關(guān)性的交互式環(huán)境。CROST還開發(fā)了一個(gè)專為空間轉(zhuǎn)錄組分析而設(shè)計(jì)的一站式分析平臺(tái)，旨在幫助用戶即使不具備任何編程技能也可進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組分析。
作為空間轉(zhuǎn)錄組的綜合資源存儲(chǔ)庫(kù)，CROST在整合來自不同物種、組織和疾病的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用，通過其全面的空間轉(zhuǎn)錄組分析能力，CROST將為研究人員提供對(duì)組織結(jié)構(gòu)、器官發(fā)育和疾病發(fā)生的深層次理解，促進(jìn)研究人員揭示空間基因表達(dá)模式的復(fù)雜性，增進(jìn)對(duì)生物系統(tǒng)的認(rèn)識(shí)，從而推動(dòng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域的重大突破。
北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）博士研究生王國(guó)梁、吳松和福州大學(xué)副教授熊壯為本文共同第一作者，北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）渠鴻竹副研究員、方向東研究員和鮑一明研究員為共同通訊作者。該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、IUBS 開放生物多樣性和健康大數(shù)據(jù)計(jì)劃等項(xiàng)目資助。
CROST內(nèi)容概要
（原標(biāo)題：北京基因組所（國(guó)家生物信息中心）發(fā)布空間轉(zhuǎn)錄組綜合資源存儲(chǔ)庫(kù)CROST）
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